Prodi S2 Kimia menjalin kerjasama penelitian dengan berbagai lembaga, diantaranya: 
  1. Universitas Negeri Semarang
  2. Universitas Negeri Malang
  3. Institut Teknologi Sepuluh Nopember
  4. Universitas Gadjah Mada
  5. Universitas Diponegoro
  6. Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN)
  7. Universiti Malaya
  8. Universitas Sebelas Maret
  9. Al Ashriyyah Nurul Iman Islamic Boarding School, Bogor
  10. PT. Inovasi Mitra Sukses
  11. Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Airlangga
Berikut contoh bukti kerjasama dan luaran dari kerjasama Prodi S2 Unesa dengan Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Airlangga.